Mudhofir Abdullah lahir di Tegal, 2 Agustus 1970. Ia menempuh pendidikan dasar di Tegal hingga lulus tahun 1985, kemudian melanjutkan ke MTs Al-Fatah Suradadi (lulus 1987), dan Madrasah Aliyah Negeri Program Khusus (MANPK) Yogyakarta I (lulus 1991). Pendidikan tinggi ditempuh di Fakultas Syariah IAIN Walisongo Surakarta dan meraih gelar Sarjana pada 1997. Tahun 1999, ia melanjutkan studi Magister (S2) di Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) dan lulus 2002. Pada September 2007, ia menempuh program Doktoral (S3) di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dan menjadi lulusan terbaik pada Oktober 2009. Pada Juni 2019, beliau dikukuhkan sebagai Guru Besar Bidang Ilmu Pengkajian Islam Fakultas Syariah IAIN Surakarta (kini UIN Raden Mas Said Surakarta). Karier akademiknya dimulai pada 1998 sebagai dosen STAIN Surakarta. Ia pernah menjabat Wakil Rektor Bidang Akademik sebelum menjadi Rektor IAIN Surakarta (2015–2023). Selain itu, beliau aktif di berbagai lembaga kajian, publikasi, dan kemasyarakatan, seperti Direktur Pusat Kajian Islam Yayasan Azhary Jakarta, serta pemimpin jurnal Al-Ahkam dan Dinika IAIN Surakarta. Sebagai akademisi produktif, karya tulisnya beragam mulai dari isu sosial, politik, agama, lingkungan, hingga budaya, yang telah dimuat di berbagai media seperti Tabloid Adil, Republika, Wawasan, Solo Pos, serta jurnal ilmiah.